Desarrollan un biochip para la detección de peces mediante eADN

biochip de eDNA
Materiales utilizados para recolectar muestras de ADN ambiental en un arroyo. Crédito: Steve Copp

Muestra la presencia de especies a partir de rastros genéticos en el agua

La trucha Dolly Varden (Salvelinus malma) es una rara especie de pez que se encuentra en la cuenca del río Nooksack en el noroeste del estado de Washington en Estados Unidos.

Aunque cuentan con cañas de pescar, la herramienta principal de los voluntarios de Trout Unlimited es un kit de muestreo de ADN ambiental (eDNA). Esta herramienta les permite inferir la presencia de especies a partir de rastros genéticos en el agua.

Durante más de una década, el Centro Nacional de Genómica para la Conservación de la Vida Silvestre y los Peces se ha asociado con Trout Unlimited y otros para realizar estudios de eADN en toda la cuenca.

Pero hoy los voluntarios están especialmente entusiasmados porque ahora tienen una nueva herramienta en su bolsillo. Las muestras que están recolectando no sólo se usarán para informarles sobre Dolly Varden: también se ejecutarán en un nuevo "biochip" que busca simultáneamente señales de 10 especies más.

Esta nueva herramienta proporcionará datos de alta calidad sobre la presencia de un conjunto de los peces más importantes desde el punto de vista ecológico y social en el noroeste del Pacífico: trucha toro, trucha arcoíris (steelhead), trucha degollada costera, trucha de arroyo, salmón rojo, salmón Chinook, salmón coho, salmón chum, salmón rosado y lamprea del Pacífico.

El Centro Nacional de Genómica construyó este biochip para llenar un importante vacío: encontrar una forma de analizar muestras de agua para múltiples especies que sea rentable y precisa.

El "estándar de oro" para el análisis de eADN es la PCR cuantitativa (qPCR), y aunque los científicos pueden usar este método para analizar iterativamente una sola muestra de agua en busca de múltiples especies, hacerlo es costoso. Existen otros métodos diseñados para el análisis de múltiples especies (por ejemplo, metabarcoding), pero estos enfoques generalmente resultan en una menor precisión que la qPCR.

La tecnología de biochip utiliza HT-qPCR para producir resultados muy similares a los de la qPCR de forma mucho más eficiente. ¿En qué medida son similares? Basándose en casi 700 análisis comparativos, el Centro Nacional de Genómica descubrió que la concordancia era >90% entre el biochip y la qPCR de especie única, aproximadamente lo mismo que la variación de ejecución a ejecución con la qPCR.

La ventaja es que cada análisis utiliza menos muestra, menos reactivos y lleva menos tiempo; en última instancia, cuesta menos del 40% de lo que requerirían los mismos datos con una qPCR de especie única.

El trabajo se publica en el Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences: The riverscape on a chip: high-throughput qPCR enables basin-wide fishery assessments

Etiquetas: ChipDetecciónPeceseDNA

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